中铁科工集团重组成立已经六年，在头三年里企业经营规模增长较快，但是近三年来不仅增长速度明显放缓，而且发展后劲不足以及发展方式粗放、发展质量和经营效益低下等问题也日益突出。这些问题的产生原因，既有结构性的矛盾，也有体制机制上的障碍，已成为企业持续发展过程中必须认真加快解决的突出问题。
　　按照《中国中铁关于全面深化企业改革的指导意见》精神要求，集团公司深化改革领导小组精心组织、深入研究、广泛研讨、积极推进，制定了中铁科工集团全面深化改革的总体方案，并且成立了五个专项改革工作组，分别由集团公司领导牵头负责，着力推动五个方面重点改革工作的开展。
　　改革创新经营管理体制，建立完善经营管理主体与生产管理主体协同发展机制。对工程机械研究院和机械成套分公司分别进行子公司改造，建立完善现代企业制度，确立其市场竞争主体地位；改革创新集团公司经营管理模式，增强集团管控能力，建立健全三级公司资产经营责任考核与奖惩机制，激发三级公司生产经营活力；完善集团公司与三级公司协同发展机制，提高企业的经营效益与管理效率。
　　构建市场化的营销体系，建立健全营销协同、营销激励机制。构建适应市场要求的集团公司集中管控、三级公司相互协同的营销结构体系，进一步推行区域性营销与专业化营销相结合的营销模式；建立健全营销成果分享、营销绩效考核与激励约束机制，构建市场化、规范化、高效化的市场营销体系。
　　构建集约化的科技研发创新体系，健全完善产研结合与成果内部转化机制。以“科技资源集约化、科研机构协同化、科技创新持续化”为目标，构建以机械研究设计院为龙头的科技研发体系；坚持需求导向与战略引领相结合的原则，完善科研立项制度；建立健全科技创新分工协作机制、产研结合机制、成果内部转化机制，加快推进企业技术进步和产业发展。
　　改革创新生产管理模式，建立并推行以成本为核心的精细化管理机制。要在项目管理与生产管理方式上，积极推行以成本管控为核心的精细化管理模式，建立健全相关制度；建立并推行以责任成本为核心的经营绩效包干、经营风险抵押的项目与生产管理机制，全面提高项目与生产管理能力和盈利水平。
　　深化三项制度改革，健全完善以价值为导向的全员绩效考核与分配机制。要以价值创造为导向，按市场化运作方式进一步完善干部人事、劳动用工和分配制度，健全完善全员绩效考核评价体系，建立“干部能上能下、员工能进能出，薪酬能升能降”机制，充分激发企业发展活力。